因企業(yè)納稅義務(wù)發(fā)生期間跨多個(gè)年度，適用稅率發(fā)生變化，應(yīng)分不同的所屬期間分別計(jì)算補(bǔ)繳稅款。

　　首先，企業(yè)在2005年~ 2008年12月31日之前發(fā)生的煤炭銷售行為，補(bǔ)繳增值稅時(shí)的適用稅率應(yīng)根據(jù)《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整金屬礦、非金屬礦采選產(chǎn)品增值稅稅率的通知》（財(cái)稅字[94]第022號）第一條的規(guī)定，從1994年5月1日起，金屬礦采選產(chǎn)品，非金屬礦采選產(chǎn)品增值稅稅率由17%調(diào)整為13%.該文件規(guī)定，煤炭，是指直接從地下開采出來的原煤和經(jīng)洗選、精選工序生產(chǎn)的洗煤、選煤。在開采、洗選、運(yùn)輸過程中產(chǎn)生的落地煤、石煤、手揀煤、風(fēng)化煤、煤泥等，也屬“煤炭”的征收范圍。同時(shí)，根據(jù)《增值稅暫行條例》第十二條的規(guī)定，小規(guī)模納稅人銷售貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)的征收率為6%.

　　其次，企業(yè)在2009年以后發(fā)生的煤炭銷售行為，補(bǔ)繳增值稅的適用稅率應(yīng)根據(jù)《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于金屬礦非金屬礦采選產(chǎn)品增值稅稅率的通知》（財(cái)稅[2008]171號）規(guī)定，自2009年1月1日起，金屬礦采選產(chǎn)品、非金屬礦采選產(chǎn)品增值稅稅率由13%恢復(fù)到17%.該文件所稱金屬礦采選產(chǎn)品，包括黑色和有色金屬礦采選產(chǎn)品；非金屬礦采選產(chǎn)品，包括除金屬礦采選產(chǎn)品以外的非金屬礦采選產(chǎn)品、煤炭和鹽。同時(shí)，根據(jù)《增值稅暫行條例》第十二條規(guī)定，自2009年1月1日起，小規(guī)模納稅人增值稅征收率為3%。

　　在以上兩個(gè)納稅所屬期內(nèi)分別又有兩個(gè)不同的適用稅率，究竟企業(yè)應(yīng)按照哪一個(gè)適用稅率或征收率計(jì)算補(bǔ)繳稅款呢？稅務(wù)人員告訴財(cái)務(wù)人員，依照政策規(guī)定，企業(yè)納稅人的主體資格不同，其所適用的稅率或征收率也有所不同，因企業(yè)一直沒有正式辦理稅務(wù)登記，還需要對企業(yè)納稅的主體資格進(jìn)行認(rèn)定，區(qū)分不同情況按適用稅率或征收率進(jìn)行核算納稅。一、根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)增值稅一般納稅人申請認(rèn)定辦法的通知》（國稅發(fā)[1994]59號）規(guī)定，一般納稅人是指年應(yīng)征增值稅銷售額（以下簡稱年應(yīng)稅銷售額，包括一個(gè)公歷年度內(nèi)的全部應(yīng)稅銷售額），超過財(cái)政部規(guī)定的小規(guī)模納稅人標(biāo)準(zhǔn)的企業(yè)和企業(yè)性單位。財(cái)政部規(guī)定的年應(yīng)稅銷售額標(biāo)準(zhǔn)為：從事貨物生產(chǎn)或提供應(yīng)稅勞務(wù)的納稅人，以及從事貨物生產(chǎn)或提供應(yīng)稅勞務(wù)為主，兼營貨物批發(fā)或零售的納稅人，年應(yīng)稅銷售額在100萬元以上的企業(yè)和企業(yè)性單位。該通知第四條同時(shí)規(guī)定，對符合一般納稅人條件但不申請辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)的納稅人，應(yīng)按銷售額依照增值稅稅率計(jì)算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票。稅務(wù)人員解釋說，從企業(yè)開業(yè)到2009年1月1日前的每個(gè)納稅年度內(nèi)，如果企業(yè)應(yīng)稅銷售額達(dá)到100萬元以上的，從次年的1月份開始應(yīng)按增值稅一般納稅人適用稅率13%計(jì)算補(bǔ)繳增值稅。如果達(dá)不到應(yīng)稅銷售額標(biāo)準(zhǔn)，則按照小規(guī)模納稅人適用征收率6%計(jì)算補(bǔ)繳稅款。二、根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人認(rèn)定有關(guān)問題的通知》（國稅函[2008]1079號）規(guī)定，新修訂的《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》降低了小規(guī)模納稅人標(biāo)準(zhǔn)（以下稱新標(biāo)準(zhǔn)），自2009年1月1日起實(shí)施。該文件規(guī)定，2008年應(yīng)稅銷售額超過新標(biāo)準(zhǔn)的小規(guī)模納稅人向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請一般納稅人資格認(rèn)定的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)按照現(xiàn)行規(guī)定為其辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)。2009年應(yīng)稅銷售額超過新標(biāo)準(zhǔn)的小規(guī)模納稅人，應(yīng)當(dāng)按照《增值稅暫行條例》及其實(shí)施細(xì)則的有關(guān)規(guī)定向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請一般納稅人資格認(rèn)定。未申請辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)的，應(yīng)按銷售額依照增值稅稅率計(jì)算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票。依照《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第二十八條規(guī)定，生產(chǎn)型企業(yè)的小規(guī)模納稅人新標(biāo)準(zhǔn)為50萬元以下（含本數(shù)），依據(jù)新的一般納稅人認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)，該企業(yè)如果在2009年度應(yīng)稅銷售額達(dá)到50萬元以上的，則按照17%的適用稅率計(jì)算補(bǔ)繳稅款，如果達(dá)不到新的認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)，則按照3%的征收率計(jì)算補(bǔ)繳稅款。

　　因此，該企業(yè)應(yīng)對照上述規(guī)定，根據(jù)不同情形依照不同時(shí)期的適用稅率或征收率計(jì)算應(yīng)補(bǔ)繳的增值稅稅款。同時(shí)，根據(jù)有關(guān)規(guī)定繳納相應(yīng)的滯納金。