一、關于居民企業(yè)選擇適用稅率及減半征稅的具體界定問題。這里主要涉及到高新技術企業(yè)的所得稅優(yōu)惠政策適用。這里又分為兩種情況：

　?。ㄒ唬┍徽J定為高新技術企業(yè)的居民企業(yè)，同時又處于國發(fā)[2007]39號文《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》規(guī)定的定期減免稅優(yōu)惠過渡期。

　　根據(jù)國發(fā)[2007]39號文，自2008年1月1日起，原享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優(yōu)惠的企業(yè)，新稅法施行后繼續(xù)按原稅收法律、行政法規(guī)及相關文件規(guī)定的優(yōu)惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優(yōu)惠的，其優(yōu)惠期限從2008年度起計算。國發(fā)[2007]39號文附表“實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策表”列舉了高新企業(yè)三種可享受減免稅過渡性優(yōu)惠政策的情況：一是根據(jù)原《外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法實施細則》，在國務院確定的國家高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)設立的被認定為高新技術企業(yè)的中外合資經(jīng)營企業(yè)，經(jīng)營期在10年以上的，經(jīng)企業(yè)申請，當?shù)囟悇諜C關批準，從開始獲利的年度起，第1年和第2年免征企業(yè)所得稅；二是根據(jù)國發(fā)[2006]6號文《國務院關于實施〈國家中長期科學和技術發(fā)展規(guī)劃綱要（2006～2020年）若干配套政策的通知〉》，國家高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)新創(chuàng)辦的高新技術企業(yè)經(jīng)嚴格認定后，自獲利年度起2年內(nèi)免征所得稅；三是根據(jù)原《外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法實施細則》等文件，對設在北京市新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)新技術企業(yè)自開辦之日起，三年內(nèi)免征所得稅。經(jīng)北京市人民政府指定的部門批準，第四至六年可按15%或10%的稅率，減半征收所得稅。

　　而根據(jù)新《企業(yè)所得稅法》第二十八條及其《實施條例》第九十三條，對擁有核心自主知識產(chǎn)權，并同時符合規(guī)定條件的國家需要重點扶持的高新技術企業(yè)，減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅。也就是說，高新技術企業(yè)減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅的優(yōu)惠政策，其依據(jù)是新《企業(yè)所得稅法》第二十八條及其《實施條例》。

　　國發(fā)[2007]39號文規(guī)定，企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策與新稅法及實施條例規(guī)定的優(yōu)惠政策存在交叉的，由企業(yè)選擇最優(yōu)惠的政策執(zhí)行，不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變。財稅[2009]69號文進一步明確，這里所稱的“不得疊加享受”，只限于企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策與企業(yè)所得稅法及其實施條例中規(guī)定的定期減免稅和減低稅率類的稅收優(yōu)惠。企業(yè)所得稅法及其實施條例中規(guī)定的各項稅收優(yōu)惠，凡企業(yè)符合規(guī)定條件的，可以同時享受。顯然，高新技術企業(yè)享受減按15%的稅率的政策與[2007]39號文規(guī)定的定期減免稅過渡期優(yōu)惠政策不得疊加享受?；诖耍瑖惡痆2010]157號文明確，居民企業(yè)被認定為高新技術企業(yè)，同時又處于國發(fā)[2007]39號第一條第三款規(guī)定享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優(yōu)惠過渡期的，該居民企業(yè)的所得稅適用稅率可以選擇依照過渡期適用稅率并適用減半征稅至期滿，或者選擇適用高新技術企業(yè)的15%稅率，但不能享受15%稅率的減半征稅。

　　這里我們還需注意，并不是所有企業(yè)都適用上述規(guī)定。根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第五十七條，只有本法公布前已批準設立的企業(yè)才可以享受過渡期優(yōu)惠政策，而根據(jù)財稅[2007]115號文《關于<中華人民共和國企業(yè)所得稅法>公布后企業(yè)適用稅收法律問題的通知》，新稅法第五十七條第一款所稱“本法公布前已經(jīng)批準設立的企業(yè)”，是指在2007年3月16日前經(jīng)工商等登記管理機關登記成立的企業(yè)。

　?。ǘ┚用衿髽I(yè)被認定為高新技術企業(yè)，同時又符合軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路生產(chǎn)企業(yè)定期減半征收企業(yè)所得稅優(yōu)惠條件的。由于軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路生產(chǎn)企業(yè)在新稅法實施前、后均享有所得稅減免政策，因此這里我們需要分別不同情況作具體分析：

　　1、新稅法實施前設立的經(jīng)認定的軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路生產(chǎn)企業(yè)。根據(jù)財稅[2000]25號文《關于鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展有關稅收政策問題的通知》，可自開始獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。財稅[2009]69號文又規(guī)定，2007年底前設立的軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路生產(chǎn)企業(yè)，經(jīng)認定后可以按《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）的規(guī)定享受企業(yè)所得稅定期減免稅優(yōu)惠政策。在2007年度或以前年度已獲利并開始享受定期減免稅優(yōu)惠政策的，可自2008年度起繼續(xù)享受至期滿為止。也就是說，這類企業(yè)也可以享受過渡期優(yōu)惠政策。如果這類企業(yè)在新稅法實施后又被認定為高新企業(yè)，根據(jù)國發(fā)[2007]39號文和財稅[2009]69號文，高新技術企業(yè)享受減按15%的稅率的政策與[2007]39號文規(guī)定的定期減免稅過渡期優(yōu)惠政策同樣不得疊加享受。因此國稅函[2010]157號文規(guī)定，此類居民企業(yè)的所得稅適用稅率可以選擇適用高新技術企業(yè)的15%稅率，也可以選擇依照25%的法定稅率減半征稅，但不能享受15%稅率的減半征稅。

　　2、新稅法實施后經(jīng)認定的軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路生產(chǎn)企業(yè)。根據(jù)財稅[2008]1號文，新辦軟件生產(chǎn)企業(yè)和集成電路設計企業(yè)經(jīng)認定后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。如果這類企業(yè)在新稅法實施后又被認定為高新企業(yè)，兩種優(yōu)惠政策都屬于新稅法實施后的政策，并不屬國發(fā)[2007]39號文和財稅[2009]69號文規(guī)定的不得疊加享受的優(yōu)惠政策，那么這兩種政策是否可以同時享受呢？對此，文件同樣明確只能享受其中一項優(yōu)惠政策，即也不能享受15%稅率的減半征稅。

　?。ㄈ└咝录夹g企業(yè)減低稅率優(yōu)惠的具體應用。國發(fā)[2006]6號文曾規(guī)定：國家高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)新創(chuàng)辦的高新技術企業(yè)經(jīng)嚴格認定后，自獲利年度起兩年內(nèi)免征所得稅，兩年后減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅。然而在國發(fā)[2007]39號文附表第30項中，后半部分“兩年后減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅”并不在過渡政策的范圍之內(nèi)。其原因，正如國稅函[2010]157號文所說，即高新技術企業(yè)減低稅率優(yōu)惠屬于變更適用條件的延續(xù)政策，因此，凡居民企業(yè)經(jīng)稅務機關核準2007年度及以前享受高新技術企業(yè)或新技術企業(yè)所得稅優(yōu)惠，2008年及以后年度未被認定為高新技術企業(yè)的，自2008年起不得適用高新技術企業(yè)的15%稅率，也不適用國發(fā)[2007]39號規(guī)定的過渡稅率，而應自2008年度起適用25%的法定稅率。

　　這里我們還應注意，國稅函[2009]203號《關于實施高新技術企業(yè)所得稅優(yōu)惠有關問題的通知》曾規(guī)定，原依法享受企業(yè)所得稅定期減免稅優(yōu)惠尚未期滿同時符合規(guī)定條件的高新技術企業(yè)，根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理辦法》以及《科學技術部 財政部 國家稅務總局關于印發(fā)〈高新技術企業(yè)認定管理工作指引〉的通知》的相關規(guī)定，在按照新標準取得認定機構頒發(fā)的高新技術企業(yè)資格證書之后，可以在2008年1月1日后，享受對尚未到期的定期減免稅優(yōu)惠執(zhí)行到期滿的過渡政策。事實上，根據(jù)國發(fā)[2007]39號文及國稅函[2010]157號文，可以執(zhí)行至期滿的只能是“定期免稅”政策，而不包括“定期減稅”政策。當然這里有個特殊情況，即國發(fā)[2007]39號文件附表第25項：設在北京市新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的外商投資企業(yè)，依照北京市新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的稅收優(yōu)惠規(guī)定執(zhí)行。對試驗區(qū)的新技術企業(yè)自開辦之日起，3年內(nèi)免征所得稅。經(jīng)北京市人民政府指定的部門批準，第4年至第6年可分到按15%或10%的稅率，減半征收所得稅。即設在北京市新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的高新企業(yè)，其定期減免稅政策均可執(zhí)行至期為止，但享受減半期間無論適用15%或10%的稅率，根據(jù)財稅[2008]21號文《關于貫徹落實國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關問題的通知》，均應一律按照國發(fā)[2007]39號文規(guī)定的過渡期稅率計算的應納稅額實行減半征稅，即2008年按18%稅率計算的應納稅額實行減半征稅，2009年按20%稅率計算的應納稅額實行減半征稅，2010年按22%稅率計算的應納稅額實行減半征稅，2011年按24%稅率計算的應納稅額實行減半征稅，2012年及以后年度按25%稅率計算的應納稅額實行減半征稅。

　　通過以上分析，我們可以得出這樣的結論：高新技術企業(yè)，無論什么情況下都不可能享受按15%稅率減半征收所得稅的優(yōu)惠政策。

　　二、居民企業(yè)從事稅法規(guī)定減征收所得稅項目的所得確定。為鼓勵和扶持某些產(chǎn)業(yè)或地區(qū)的發(fā)展，實現(xiàn)有關社會、經(jīng)濟目標，《企業(yè)所得稅法》第二十七條規(guī)定了納稅人從事有關項目所得可以免征、減征所得稅?！镀髽I(yè)所得稅法實施條例》第八十六條、第八十七條、第八十八條和第九十條又詳細規(guī)定了可以減半征收所得稅政策?？蓽p半征收所得稅的項目包括：居民企業(yè)從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植、從事海水養(yǎng)殖和內(nèi)陸?zhàn)B殖所得；居民企業(yè)一個納稅年度內(nèi)取得符合條件的技術轉(zhuǎn)讓所得超過500萬元的部分。而對居民企業(yè)從事符合規(guī)定的國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經(jīng)營的所得、從事符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得，均自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業(yè)所得稅，第四年至第六年減半征收企業(yè)所得稅。對可減半征收的企業(yè)所得稅，國稅函[2010]157號文明確，是指居民企業(yè)應就該部分所得單獨核算并依照25%的法定稅率減半繳納企業(yè)所得稅。事實上，《企業(yè)所得稅法實施條例》第一百○二條也明確，企業(yè)同時從事適用不同企業(yè)所得稅待遇的項目的，其優(yōu)惠項目應當單獨計算所得，并合理分攤企業(yè)的期間費用；沒有單獨計算的，不得享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠。

　　這里我們還需注意兩個問題：

　　1、根據(jù)國稅函[2009]255號文《關于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問題的補充通知》，除國務院明確的企業(yè)所得稅過渡類優(yōu)惠政策、執(zhí)行新稅法后繼續(xù)保留執(zhí)行的原企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策、新企業(yè)所得稅法第二十九條規(guī)定的民族自治地方企業(yè)減免稅優(yōu)惠政策，以及國務院另行規(guī)定實行審批管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策外，其他各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，均實行備案管理。而根據(jù)目前仍有效的國稅發(fā)[2005]129號文《稅收減免管理辦法（試行）》，納稅人享受備案類減免稅，應提請備案，經(jīng)稅務機關登記備案后，自登記備案之日起執(zhí)行。納稅人未按規(guī)定備案的，一律不得減免稅。

　　2、注意國稅函[2010]148號文《關于做好2009年度企業(yè)所得稅匯算清繳工作的通知》對減征、免征所得額項目納稅申報的要求，即企業(yè)取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當期及以前年度應稅項目虧損；當期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當期和以后納稅年度應稅項目所得抵補。

　　三、關于居民企業(yè)總分機構的過渡期稅率執(zhí)行問題

　　新稅法以是否具有法人資格作為企業(yè)所得稅納稅人的認定標準，而“兩稅”合一前，內(nèi)資企業(yè)以是否獨立核算而非是否具有法人資格為納稅人認定標準，外資企業(yè)雖以法人作為納稅主體，但根據(jù)國稅發(fā)[1997]49號文《關于外商投資企業(yè)分支機構適用所得稅稅率問題的通知》規(guī)定，外商投資企業(yè)設在我國境內(nèi)的從事產(chǎn)品生產(chǎn)、商品貿(mào)易、服務等業(yè)務的分支機構，其生產(chǎn)經(jīng)營所得應適用該分支機構所在地同類業(yè)務企業(yè)適用的企業(yè)所得稅稅率，由其總機構匯總繳納所得稅。也就是說，“兩稅”合一前，不具備法人資格的內(nèi)、外資企業(yè)分機機構，都可能單獨享受所得稅優(yōu)惠政策。根據(jù)新稅法第57條規(guī)定，在新稅法公布之日即2007年3月16日之前設立的企業(yè)可以享受過渡性稅收優(yōu)惠政策，那么企業(yè)在2007年3月16日之前設立的分支機構是否可以單獨享受國發(fā)[2007]39號規(guī)定的企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策呢？對此，財稅[2009]69號文明確，單獨依據(jù)原內(nèi)、外資企業(yè)所得稅法的優(yōu)惠規(guī)定已享受有關稅收優(yōu)惠的分支機構，凡符合國發(fā)[2007]39號所列政策條件的，都可以單獨享受國發(fā)[2007]39號規(guī)定的企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策。當然，新所得稅法實施后規(guī)定的有關優(yōu)惠政策，作為不具備法人資格的分支機構是不能單獨享受的。據(jù)此，國稅函[2010]157號文明確，居民企業(yè)經(jīng)稅務機關核準2007年度以前依照國稅發(fā)[1997]49號規(guī)定，其處于不同稅率地區(qū)的分支機構可以單獨享受所得稅減低稅率優(yōu)惠的，仍可繼續(xù)單獨適用減低稅率優(yōu)惠過渡政策；優(yōu)惠過渡期結束后，統(tǒng)一依照國稅發(fā)[2008]28號文《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》第十六條的規(guī)定執(zhí)行，即總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。該文件并未提及內(nèi)資企業(yè)總分機構的過渡期稅率執(zhí)行問題，筆者理解，內(nèi)資企業(yè)分支機構也應按此規(guī)定執(zhí)行。居民企業(yè)經(jīng)稅務機關核準2007年度以前依照國稅發(fā)[1997]49號規(guī)定，其處于不同稅率地區(qū)的分支機構可以單獨享受所得稅減低稅率優(yōu)惠的，仍可繼續(xù)單獨適用減低稅率優(yōu)惠過渡政策；優(yōu)惠過渡期結束后，統(tǒng)一依照國稅發(fā)[2008]28號文《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》第十六條的規(guī)定執(zhí)行，即總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。該文件并未提及內(nèi)資企業(yè)總分機構的過渡期稅率執(zhí)行問題，筆者理解，內(nèi)資企業(yè)分支機構也應按此規(guī)定執(zhí)行。