長(zhǎng)期以來(lái)，我國(guó)企業(yè)所得稅為中央與地方財(cái)政分享的稅種，即共享稅。法人所得稅制帶來(lái)的突出問(wèn)題在于：對(duì)于屬于中央與地方共享稅的企業(yè)所得稅，如果非法人的分支機(jī)構(gòu)將全部稅款繳到總公司所在地入庫(kù)，將不可避免地區(qū)間的利益轉(zhuǎn)移，同時(shí)由于分支機(jī)構(gòu)分享了地方提供的公共產(chǎn)品和公共服務(wù)，如果沒(méi)有稅收貢獻(xiàn)，制約了地方經(jīng)濟(jì)建設(shè)及全國(guó)經(jīng)濟(jì)均衡高效的運(yùn)行。為妥善處理好地區(qū)間利益分配關(guān)系，《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第一百二十五條做出相關(guān)規(guī)定：“企業(yè)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅時(shí)，應(yīng)當(dāng)統(tǒng)一核算應(yīng)納稅所得額，具體辦法由國(guó)務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門(mén)另行制定。”隨后國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)出臺(tái)《跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》（財(cái)預(yù)[2008]10號(hào)）文件，總局在此基礎(chǔ)上又制定了《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)）文件，這兩個(gè)文件分別從財(cái)政預(yù)算及稅收征管的不同方面加以規(guī)定，旨在合理利用稅收手段妥善處理地區(qū)間利益分配關(guān)系，有效解決法人所得稅制度下稅源跨地區(qū)轉(zhuǎn)移的問(wèn)題。隨后又出臺(tái)的一些配套政策，特別是《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2009]221號(hào)）文件，對(duì)具體的政策執(zhí)行有非常強(qiáng)的指導(dǎo)作用。
跨地區(qū)匯總納稅“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)”的處理原則，由總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。
上述政策，在匯總納稅企業(yè)年度匯算清繳申報(bào)時(shí)與一般企業(yè)的區(qū)別主要體現(xiàn)在以下幾點(diǎn)：
一、匯總納稅企業(yè)納稅申報(bào)數(shù)據(jù)為法人企業(yè)核算的全部數(shù)據(jù)
企業(yè)下設(shè)分支機(jī)構(gòu)會(huì)根據(jù)自身情況確定獨(dú)立核算還是由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一核算即非獨(dú)立核算的方式。無(wú)論會(huì)計(jì)采用何種方式，總機(jī)構(gòu)在申報(bào)企業(yè)所得稅時(shí)作為一個(gè)法人企業(yè)，預(yù)繳及匯算清繳的各項(xiàng)申報(bào)數(shù)據(jù)是法人企業(yè)整體核算的結(jié)果，各分支機(jī)構(gòu)都不需要單獨(dú)核算利潤(rùn)、計(jì)算應(yīng)納稅所得額。
1、收入的確認(rèn)
一般情況下，企業(yè)將所屬獨(dú)立核算的分支機(jī)構(gòu)核算的收入?yún)R總到總部統(tǒng)一申報(bào)；非獨(dú)立核算分支機(jī)構(gòu)的收入確認(rèn)與一般企業(yè)一樣不需要總機(jī)構(gòu)單獨(dú)處理。因此匯總納稅企業(yè)應(yīng)注意將總機(jī)構(gòu)及各分支機(jī)構(gòu)取得的各項(xiàng)收入一并計(jì)入應(yīng)納稅所得額。
例1：A企業(yè)為2003年在北京成立的一家高新技術(shù)企業(yè)企業(yè)，并分別在2004-2006年下設(shè)三家獨(dú)立核算的分支機(jī)構(gòu)：上海分公司-A1、深圳分公司-A2、西寧分公司-A3.2009年A企業(yè)總部銷(xiāo)售收入1500萬(wàn)元、分支機(jī)構(gòu)A1銷(xiāo)售收入450萬(wàn)元、分支機(jī)構(gòu)A2銷(xiāo)售收入360萬(wàn)元、分支機(jī)構(gòu)A3銷(xiāo)售收入130萬(wàn)元，A企業(yè)2009年銷(xiāo)售收入2440萬(wàn)元（1500+450+360+130）。如果A企業(yè)下設(shè)的三家分支機(jī)構(gòu)A1、A2、A3不獨(dú)立核算，其銷(xiāo)售收入由總公司統(tǒng)一核算。
2、扣除項(xiàng)目的確認(rèn)
匯總納稅企業(yè)稅前項(xiàng)目的處理原則與收入確認(rèn)一致，各項(xiàng)稅前扣除數(shù)據(jù)不需要考慮各分支機(jī)構(gòu)的情況由法人企業(yè)統(tǒng)一核算。如工資、職工福利費(fèi)等三項(xiàng)經(jīng)費(fèi)、業(yè)務(wù)招待費(fèi)、業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)、廣告費(fèi)、利息支出等都是法人企業(yè)全部數(shù)據(jù)，稅前扣除的各項(xiàng)指標(biāo)統(tǒng)一計(jì)算扣除，不對(duì)分支機(jī)構(gòu)單獨(dú)計(jì)算稅前扣除限額。
例2：如果例1中A企業(yè)總部及三家分支機(jī)構(gòu)2009年度發(fā)生的業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)如表1所示
A企業(yè)2009年納稅申報(bào)時(shí)：一是發(fā)生業(yè)務(wù)招待費(fèi)110萬(wàn)元，稅前扣除限額由2440×5‰=12.2（萬(wàn)元）與110×60%=66（萬(wàn)元）比較后孰小的原則為12.2萬(wàn)元，納稅調(diào)增額=110-12.5=97.5（萬(wàn)元）；二是發(fā)生廣告費(fèi)305萬(wàn)元，稅前扣除限額為2440×15%=122（萬(wàn)元），納稅調(diào)增額=305-122=183（萬(wàn)元）。
上述申報(bào)體現(xiàn)了法人稅的實(shí)質(zhì)，各分支機(jī)構(gòu)不單獨(dú)計(jì)算應(yīng)納稅所得額，各類(lèi)涉稅事項(xiàng)由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算。實(shí)踐中，新稅法執(zhí)行后，稅務(wù)機(jī)關(guān)不需要再對(duì)符合28號(hào)文件規(guī)定條件的分支機(jī)構(gòu)進(jìn)行單獨(dú)的企業(yè)所得稅檢查。
二、匯總納稅企業(yè)總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)減免稅款的計(jì)算相對(duì)復(fù)雜
2008年1月1日法人稅制的實(shí)施，享受減免稅的主體為法人企業(yè)，不會(huì)對(duì)某一獨(dú)立核算的分支機(jī)構(gòu)單獨(dú)減免稅。因此新稅法實(shí)施后，匯總納稅企業(yè)與一般企業(yè)享受減免稅的資格及審批方式一致，區(qū)別在于總機(jī)構(gòu)對(duì)企業(yè)審批的各項(xiàng)減免適用于法人企業(yè)及所屬各分支機(jī)構(gòu)，各分支機(jī)構(gòu)不再單獨(dú)申請(qǐng)減免稅優(yōu)惠。如果例1中A企業(yè)取得了高新技術(shù)企業(yè)證書(shū)，申請(qǐng)2009年度享受高新技術(shù)減免稅及技術(shù)開(kāi)發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除的優(yōu)惠政策，由總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)稅法審批、備案后A企業(yè)總機(jī)構(gòu)及3家分支機(jī)構(gòu)2009年度納稅申報(bào)時(shí)一并享受，不需要其分支機(jī)構(gòu)再向所在地單獨(dú)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)單獨(dú)申請(qǐng)。
目前，匯總納稅企業(yè)總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)計(jì)算減免稅的政策規(guī)定出處是由于舊稅法的企業(yè)所得稅納稅主體為獨(dú)立核算的納稅人，獨(dú)立核算的分支機(jī)構(gòu)如果符合條件可以按獨(dú)立納稅人享受減免稅優(yōu)惠，導(dǎo)致總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)稅率不一致。因此財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于執(zhí)行企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策若干問(wèn)題的通知》財(cái)稅 [2009]69號(hào)文件明確：“企業(yè)在2007年3月16日之前設(shè)立的分支機(jī)構(gòu)單獨(dú)依據(jù)原內(nèi)、外資企業(yè)所得稅法的優(yōu)惠規(guī)定已享受有關(guān)稅收優(yōu)惠的，凡符合《國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策的通知》（國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)）所列政策條件的，該分支機(jī)構(gòu)可以單獨(dú)享受?chē)?guó)發(fā)[2007]39號(hào)規(guī)定的企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策。”《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知》國(guó)稅函[2009]221號(hào)文件進(jìn)一步明確：“除《國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策的通知》（國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)）、《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財(cái)稅[2008]1號(hào)）和《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實(shí)國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策有關(guān)問(wèn)題的通知》（財(cái)稅[2008]21號(hào)）有關(guān)規(guī)定外，跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的計(jì)算方法計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅，應(yīng)按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。”
?。ㄒ唬┛?、分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)如何計(jì)算減免稅的兩項(xiàng)具體政策：
1、《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)）文件規(guī)定：“總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額?！?
2、《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2009]221號(hào)）文件進(jìn)一步明確：“預(yù)繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后按照國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額后加總計(jì)算出企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額。再按照國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，向總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偩偷仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅款。匯繳時(shí)，企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額應(yīng)按上述方法并采用各分支機(jī)構(gòu)匯算清繳所屬年度的三因素計(jì)算確定?！?
?。ǘ┛?、分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的案例分析
匯總納稅企業(yè)總、分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的匯算清繳申報(bào)需要分步計(jì)算減免稅額：
一是在總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算應(yīng)納稅所得額的基礎(chǔ)上，按國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)分支機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額；
二是再按各分支機(jī)構(gòu)自身的稅率計(jì)算各自應(yīng)納所得稅額；
三是將各分支機(jī)構(gòu)應(yīng)納所得稅額匯總后計(jì)算企業(yè)的減免稅額。
例3：如果例1中A企業(yè)2009年度應(yīng)納稅所得額1000萬(wàn)元，由于其沒(méi)有取得高新技術(shù)企業(yè)證書(shū)，所以沒(méi)有申請(qǐng)享受新稅法規(guī)定的高新技術(shù)企業(yè)減免稅優(yōu)惠。2009年度該企業(yè)深圳分公司繼續(xù)享受新稅法公布前的過(guò)渡期優(yōu)惠政策、西寧分公司繼續(xù)執(zhí)行西部大開(kāi)發(fā)的稅收優(yōu)惠，因此2009年度納稅申報(bào)需要對(duì)其總、分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的情況繼續(xù)納稅處理。
A企業(yè)2009年度各相關(guān)指標(biāo)如表2所示：
2009年匯算清繳時(shí)，一是分步計(jì)算減免稅額：
1、計(jì)算不同稅率地區(qū)各分支機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額
總機(jī)構(gòu)應(yīng)納稅所得額=1000×50%=500（萬(wàn)元）
25%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×450/2440+0.35×30/155+0.3×800/3500）=100.4（萬(wàn)元）
20%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×360/2440+0.35×20/155+0.3×500/3500）=69.85（萬(wàn)元）
15%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×130/2440+0.35×5/155+0.3×200/3500）=23.5（萬(wàn)元）
2、計(jì)算不同稅率地區(qū)各分支機(jī)構(gòu)的應(yīng)納所得稅額
25%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=100.4×25%=25.1（萬(wàn)元）
20%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=69.85×20%=13.97（萬(wàn)元）
15%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=23.5×15%=3.525（萬(wàn)元）
3、計(jì)算A企業(yè)2009年度減免稅額
A企業(yè)減免稅額=1000×25%-（1000×50%×25%+25.1+13.97+3.525）
=250-167.595=82.405（萬(wàn)元）
二是A企業(yè)納稅申報(bào)表主表填報(bào)：
第25行“應(yīng)納稅所得額”：1000萬(wàn)元
第26行“稅率（25%）”：25%
第27行“應(yīng)納所得稅額”：250萬(wàn)元
第28行“減免所得稅額”：82.405萬(wàn)元
第30行“應(yīng)納稅額”：167.595萬(wàn)元
第33行“實(shí)際應(yīng)納所得稅額”：167.595萬(wàn)元
?。ㄈ┤绾翁幚韰R總納稅企業(yè)過(guò)渡期優(yōu)惠政策與新稅法優(yōu)惠政策同時(shí)存在的情況
《國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策的通知》（國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)）文件規(guī)定：企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策與新稅法及實(shí)施條例規(guī)定的優(yōu)惠政策存在交叉的，由企業(yè)選擇最優(yōu)惠的政策執(zhí)行，不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變?！敦?cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于執(zhí)行企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策若干問(wèn)題的通知》（財(cái)稅 [2009]69號(hào)）文件進(jìn)一步明確：國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)文件所稱(chēng)不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變的稅收優(yōu)惠情形，限于企業(yè)所得稅過(guò)渡優(yōu)惠政策與企業(yè)所得稅法及其實(shí)施條例中規(guī)定的定期減免稅和減低稅率類(lèi)的稅收優(yōu)惠。
匯總納稅企業(yè)適用上述政策存在兩種情況：一是如果企業(yè)整體享受過(guò)渡期優(yōu)惠政策，又同時(shí)可以享受新稅法規(guī)定的定期減免稅或減低稅率類(lèi)的稅收優(yōu)惠；二是由于分支機(jī)構(gòu)享受過(guò)渡期優(yōu)惠政策致使總、分支機(jī)構(gòu)存在不同稅率，該企業(yè)又可以同時(shí)享受新稅法規(guī)定的定期減免稅或減低稅率類(lèi)的稅收優(yōu)惠。這兩種情況都需要納稅人進(jìn)行選擇，或是適用過(guò)渡期優(yōu)惠或是適用新稅法的優(yōu)惠，二者不能同時(shí)享受。
以案例中的A企業(yè)為例，A企業(yè)已取得高新技術(shù)企業(yè)證書(shū)，可以享受15%的高新技術(shù)企業(yè)減免稅優(yōu)惠；同時(shí)其深圳A2分公司繼續(xù)享受新稅法公布前的過(guò)渡期優(yōu)惠政策、西寧A3分公司繼續(xù)執(zhí)行西部大開(kāi)發(fā)的稅收優(yōu)惠，導(dǎo)致A企業(yè)的總、分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)。因此，A企業(yè)可以從下例方式種選擇一種享受稅收優(yōu)惠政策：一是2009年度享受高新技術(shù)減免稅，總分機(jī)構(gòu)統(tǒng)一適用15%的稅率；二是參考例3并依據(jù)總分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的稅收政策，逐步計(jì)算出A企業(yè)的減免稅款。兩種方法不能同時(shí)采用。
三、匯總納稅企業(yè)納稅申報(bào)的其他重要事項(xiàng)處理
1、關(guān)于分支機(jī)構(gòu)以前年度虧損的處理
《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)）文件規(guī)定：“總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)2007年及以前年度按獨(dú)立納稅人計(jì)繳所得稅尚未彌補(bǔ)完的虧損，允許在法定剩余年限內(nèi)繼續(xù)彌補(bǔ)?！苯鉀Q了原獨(dú)立核算分支機(jī)構(gòu)的以前年度虧損額在新稅法下如何處理的問(wèn)題，其實(shí)質(zhì)是2008年1月1日后分支機(jī)構(gòu)以前年度的虧損額由法人企業(yè)一并彌補(bǔ)。
由于《企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表》（A類(lèi)）中沒(méi)有單獨(dú)體現(xiàn)彌補(bǔ)分支機(jī)構(gòu)以前年度虧損的行次，實(shí)際工作中，可以將其填列在附表四《彌補(bǔ)虧損明細(xì)表》第3列“合并分立企業(yè)轉(zhuǎn)入可彌補(bǔ)虧損額”中。
2、主表第34行“本年累計(jì)實(shí)際已預(yù)繳的所得稅額”存在的政策執(zhí)行差異
匯總納稅政策規(guī)定：匯總納稅企業(yè)實(shí)現(xiàn)的預(yù)繳所得稅，由總、分機(jī)構(gòu)按分配比例于預(yù)繳時(shí)分別入庫(kù)，其中50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)傤A(yù)繳，50%由總機(jī)構(gòu)預(yù)繳；總機(jī)構(gòu)年終匯算清繳時(shí)統(tǒng)一計(jì)算、多退少補(bǔ)。與一般企業(yè)的納稅申報(bào)不同，匯總納稅企業(yè)填報(bào)的“本年累計(jì)實(shí)際已預(yù)繳的所得稅”應(yīng)包括按匯總納稅政策在總機(jī)構(gòu)入庫(kù)及向分支機(jī)構(gòu)分配入庫(kù)的本年度全部預(yù)繳稅款。
執(zhí)行中一些地區(qū)出于區(qū)域利益的平衡，分支機(jī)構(gòu)未按總機(jī)構(gòu)出具的分配表就地入庫(kù)所得稅，預(yù)繳稅款或多或少，致使“本年累計(jì)實(shí)際已預(yù)繳的所得稅”與實(shí)際不符，成為匯總納稅申報(bào)中較為突出的問(wèn)題。
針對(duì)預(yù)繳稅款未按規(guī)定入庫(kù)的突出問(wèn)題，國(guó)稅函[2009]221號(hào)文件明確：“對(duì)應(yīng)執(zhí)行國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件規(guī)定而未執(zhí)行或未正確執(zhí)行上述文件規(guī)定的跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)，在預(yù)繳企業(yè)所得稅時(shí)造成總機(jī)構(gòu)與分支機(jī)構(gòu)之間同時(shí)存在一方（或幾方）多預(yù)繳另一方（或幾方）少預(yù)繳稅款的，其總機(jī)構(gòu)或分支機(jī)構(gòu)就地預(yù)繳的企業(yè)所得稅低于按上述文件規(guī)定計(jì)算分配的數(shù)額的，應(yīng)在隨后的預(yù)繳期間內(nèi)，由總機(jī)構(gòu)將按上述文件規(guī)定計(jì)算分配的稅款差額分配到總機(jī)構(gòu)或分支機(jī)構(gòu)補(bǔ)繳；其總機(jī)構(gòu)或分支機(jī)構(gòu)就地預(yù)繳的企業(yè)所得稅高于按上述文件規(guī)定計(jì)算分配的數(shù)額的，應(yīng)在隨后的預(yù)繳期間內(nèi)，由總機(jī)構(gòu)將按上述文件規(guī)定計(jì)算分配的稅款差額從總機(jī)構(gòu)或分支機(jī)構(gòu)的預(yù)繳數(shù)中扣減?！睆恼呱弦螅悍峡绲貐^(qū)匯總納稅政策要求的分支機(jī)構(gòu)，應(yīng)按總機(jī)構(gòu)分配表預(yù)繳稅款。對(duì)不符合政策在當(dāng)?shù)囟嗬U或少繳的所得稅，應(yīng)由分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在以后的預(yù)繳申報(bào)中解決，不能在總機(jī)構(gòu)年度納稅申報(bào)表中反映。
例4：如果例1中的A企業(yè)2009年度1-4季度累計(jì)申報(bào)預(yù)繳所得稅50萬(wàn)元，其中3季度分配表中分配西寧A3分公司所得稅5萬(wàn)元，A3分公司在當(dāng)?shù)貙?shí)際繳納8萬(wàn)元，比分配稅款多入庫(kù)3萬(wàn)元，導(dǎo)致A企業(yè)2009年度全年實(shí)際繳納所得稅53萬(wàn)元，比應(yīng)預(yù)繳的50萬(wàn)元多入庫(kù)3萬(wàn)元。A企業(yè)2009年度納稅申報(bào)表主表第34行“本年累計(jì)實(shí)際已預(yù)繳的所得稅額”填報(bào)50萬(wàn)元，多繳的3萬(wàn)元應(yīng)由西寧A3分公司在2010年度預(yù)繳申報(bào)中扣減。
3、分支機(jī)構(gòu)損失由分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審批
《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)）文件規(guī)定：分支機(jī)構(gòu)的各項(xiàng)財(cái)產(chǎn)損失，應(yīng)由分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核并出具證明后，再由總機(jī)構(gòu)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)扣除。
新稅法實(shí)施后，納稅人稅前扣除資產(chǎn)損失的政策依據(jù)主要是《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除政策的通知》財(cái)稅[2009]57號(hào)及《企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法》國(guó)稅發(fā)[2009]88號(hào)兩個(gè)文件。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)稅前扣除資產(chǎn)損失的審理是目前所得稅管理中的重點(diǎn)及難點(diǎn)。實(shí)行法人稅制后，納稅人無(wú)論資產(chǎn)損失發(fā)生在總機(jī)構(gòu)還是分支機(jī)構(gòu)，都由總機(jī)構(gòu)匯總后申報(bào)扣除。因此總機(jī)構(gòu)年度納稅申報(bào)扣除的資產(chǎn)損失包括由各分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在當(dāng)?shù)貙徟馁Y產(chǎn)損失，總機(jī)構(gòu)稅務(wù)機(jī)關(guān)可以事后向分支機(jī)構(gòu)稅務(wù)機(jī)關(guān)實(shí)地核查。
從征管現(xiàn)狀考慮，總、分支機(jī)構(gòu)異地經(jīng)營(yíng)，總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)異地審核分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失存在一定困難，由資產(chǎn)損失發(fā)生地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核更符合征管實(shí)際。當(dāng)然，法人稅制帶來(lái)分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管轄權(quán)減弱也是不爭(zhēng)的現(xiàn)實(shí)。因此，做好對(duì)匯總納稅企業(yè)資產(chǎn)損失審核及其他事項(xiàng)的管理，需要總、分支機(jī)構(gòu)的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)之間的密切協(xié)作和配合，進(jìn)一步在征管實(shí)踐中完善對(duì)匯總納稅企業(yè)的所得稅管理。
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